Karakteristik Protein SSB, Struktur dan Fungsi

Itu Protein SSB O DNA Binding Protein Simple Band (Dari Bahasa Inggris "Skunci paha-SDNA Trand BInding protein “), Mereka adalah protein yang bertanggung jawab untuk menstabilkan, melindungi dan mempertahankan sementara.

Informasi genetik suatu organisme dilindungi dan diberi kode dalam DNA pita ganda. Sehingga ini dapat diterjemahkan dan direplikasi, perlu dikeluarkan dan pengangguran dan dalam proses di mana protein SSB berpartisipasi.

32 KDA Fragmen (RPA32) dari subunit protein replikasi (Sumber: Jawahar Swaminathan dan Staf MSD di European Bioinformatics Institute [domain publik] melalui Wikimedia Commons melalui Wikimedia)

Protein ini dimasak secara kooperatif dengan monomer lain yang berbeda yang berpartisipasi dalam stabilisasi DNA mereka dan ditemukan pada prokariota dan eukariota.

Protein SSB dari Escherichia coli (ECSSB), adalah protein pertama yang dijelaskan dari jenis ini. Ini ditandai dengan fungsional dan struktural dan karena penemuan mereka telah digunakan sebagai model studi untuk protein semacam ini.

Organisme eukariotik memiliki protein yang mirip dengan protein SSB bakteri, tetapi dalam eukariota ini dikenal sebagai protein RPA atau protein replikasi A (dari bahasa Inggris Replikasi protein A) bahwa mereka secara fungsional mirip dengan SSB.

Sejak penemuannya, model biokimia-fungsional komputasi telah digunakan untuk studi interaksi antara protein SSB dan DNA rantai sederhana untuk menjelaskan fungsinya dalam proses esensial genom organisme yang berbeda.

[TOC]

Karakteristik

Jenis protein ini ditemukan di semua kerajaan kehidupan dan meskipun mereka memiliki sifat fungsional yang sama, mereka secara struktural berbeda, terutama dalam hal perubahan konformasi mereka, yang tampaknya spesifik untuk setiap jenis protein SSB.

Dapat melayani Anda: ABO SYSTEM: ketidakcocokan, warisan dan bukti

Telah diamati bahwa semua protein ini memiliki domain yang diawetkan yang terlibat dalam persatuan dengan DNA pita sederhana dan yang dikenal sebagai domain oligonucleotide/ oligosaccharides Union (ditemukan dalam daftar pustaka sebagai domain Ob).

Protein SSB bakteri termofilik seperti Thermus aquaticus Mereka memiliki karakteristik yang luar biasa, karena mereka memiliki dua domain OB di setiap subunit, sementara sebagian besar bakteri hanya memiliki satu di setiap subunit.

Sebagian besar protein SSB mengikat tidak spesifik untuk DNA pita sederhana. Namun, penyatuan masing -masing SSB tergantung pada strukturnya, tingkat koperasi, tingkat oligomerisasi dan berbagai kondisi lingkungan.

Konsentrasi ion magnesium divalen, konsentrasi garam, pH, suhu, adanya poliamina, spermidin dan sperma, adalah beberapa kondisi lingkungan yang dipelajari In vitro yang paling mempengaruhi aktivitas protein SSB.

Struktur

Bakteri memiliki protein SSB homo-tetramerik, dan setiap subunit memiliki penguasaan tunggal OB Union. Sebaliknya, protein SSB virus, terutama dari banyak bakteriofag, umumnya mono atau dimetri.

Pada ujung N-terminal, protein SSB memiliki domain persimpangan DNA, sedangkan ujung terminal-C mereka terdiri dari sembilan asam amino yang diawetkan yang bertanggung jawab atas interaksi protein-protein.

Tiga residu triptofan di posisi 40, 54 dan 88 adalah residu yang bertanggung jawab untuk interaksi dengan DNA di domain Union. Ini memediasi tidak hanya stabilisasi interaksi DNA-protein, tetapi juga perekrutan subunit protein lainnya.

Protein SSB dari DAN. coli Ini telah dimodelkan dalam studi komputasi dan telah ditentukan bahwa ia memiliki struktur tetramerik 74 kDa dan bahwa ia bergabung dengan DNA pita sederhana berkat interaksi koperasi dari berbagai subunit tipe SSB SSB yang berbeda.

Dapat melayani Anda: merah fenol: karakteristik, persiapan, aplikasi

Archaeas juga memiliki protein SSB. Ini adalah monomerik dan hanya memiliki satu penguasaan DNA atau domain OB.

Dalam eukariota, protein RPA, secara struktural, lebih kompleks: mereka terdiri dari heterotromer (dari tiga subunit berbeda) yang dikenal sebagai RPA70, RPA32 dan RPA14.

Mereka memiliki setidaknya enam domain oligonukleotida/oligosakarida, meskipun saat ini hanya empat dari situs ini yang diketahui secara tepat: tiga di subunit RPA70, dan sebuah ruangan yang berada di subunit RPA32.

Fungsi

Protein SSB memiliki fungsi -fungsi utama dalam pemeliharaan, pengemasan dan organisasi genom dengan melindungi dan menstabilkan untaian DNA rantai sederhana pada saat mereka diekspos oleh aksi enzim lainnya.

Penting untuk diingat bahwa protein ini bukan protein yang bertanggung jawab untuk melepaskan dan membuka untaian DNA. Fungsinya hanya terbatas untuk menstabilkan DNA ketika berada dalam kondisi DNA pita sederhana.

Protein SSB ini bertindak kooperatif, karena penyatuan salah satu dari mereka memfasilitasi penyatuan protein lain (SSB atau tidak). Dalam proses metabolisme DNA, protein ini dianggap sebagai semacam pelopor atau protein primer.

Kesatuan protein ini ke DNA memiliki fungsi utamanya, selain menstabilkan pita DNA rantai sederhana, perlindungan molekul -molekul ini terhadap degradasi dengan endonuklease tipe V V.

Protein tipe SSB secara aktif berpartisipasi dalam hampir semua organisme hidup proses DNA. Protein seperti itu maju seiring dengan kemajuan garpu replikasi, dan jauhkan dua rantai DNA orang tua terpisah.

Dapat melayani Anda: lipase pankreas: struktur, fungsi, nilai normal

Contoh

Pada bakteri, protein SSB merangsang dan menstabilkan fungsi protein. Protein ini bertanggung jawab untuk perbaikan DNA (reaksi SOS), dan proses rekombinasi antara molekul pita komplementer sederhana.

Mutan dari DAN. coli secara genetik dimanipulasi untuk mendapatkan protein SSB yang rusak dengan cepat dihambat dan tidak secara efektif memenuhi fungsinya dalam replikasi, perbaikan dan rekombinasi DNA.

Protein tipe RPA mengontrol perkembangan siklus sel dalam sel eukariotik. Secara khusus, diyakini bahwa konsentrasi sel RPA4 dapat memiliki pengaruh tidak langsung pada lulus replikasi DNA, yaitu, dalam konsentrasi tinggi RPA4 proses ini dihambat.

Telah disarankan bahwa ekspresi RPA4 dapat mencegah proliferasi sel dengan menghambat replikasi dan memainkan peran dalam mempertahankan dan menandai viabilitas sel sehat dalam organisme hewan.

Referensi

1. Anthony, e., & Lohman, t. M. (2019, Februari). Dinamika e. Kompleks Protein-DNA DNA Strand DNA (SSB) COLI (SSB). Di dalam Seminar dalam Biologi Sel & Perkembangan (Vol. 86, hlm. 102-111). Pers Akademik.
2. Beernink, h. T., & Morrical, s. W. (1999). RMPS: Protein mediator rekombinasi/replikasi. Tren ilmu biokimia, 24(10), 385-389.
3. Bianco, hlm. R. (2017). The Tale of SSB. Kemajuan dalam Biofisika dan Biologi Molekuler, 127, 111-118.
4. Byrne, b. M., & Oakley, G. G. (2018, November). Protein A Replikasi, pencahar yang membuat DNA tetap teratur: pentingnya fosforilasi RPA dalam menjaga stabilitas genom. Di dalam Seminar dalam Biologi Sel & Perkembangan. Pers Akademik
5. Krebs, J. DAN., Goldstein, e. S., & Kilpatrick, s. T. (2017). Gen Lewin XII. Pembelajaran Jones & Bartlett.
6. Lecointe, f., Serena, c., Velten, m., Biaya, a., McGovern, s., Meile, J. C.,… & Pollard, P. (2007). Mengantisipasi Penangkapan Garpu Replikasi Kromosom: Target SSB Memperbaiki Helikas DNA ke Garpu Aktif. Jurnal Embo, 26(19), 4239-4251.